La metodología que se desarrolla en estos espacios es:

1. El líder propone un proyecto que tenga un beneficiario específico (fabricación de objetos, máquianas, herramientas, entre otros).
2. El líder elige a su grupo de trabajo, este grupo está compuesto por personas que viven en la misma zona que el líder y los voluntarios y maker de la base de la Fundación.
3. El equipo de trabajo comienza a desarrollar el proyecto bajo la mentoría de los colaboradores de M3D
4. El proyecto se hace realidad y se entrega al beneficiario
5. Se comparte toda la información y resultados que se creó para el desarrollo del proyecto para que este se reproduzca en cualquier parte del mundo. Para este propósito se hacen kits disponibles en las redes y bancos de datos de libre uso.

Esta manera de crear y compartir colaborativamente hace que el conocimiento circule y que la colaboración virtual pueda darse de manera práctica y tangible.